俗話說：將在外，君令有所不受，這話用在曾國藩身上是再適合不過了。雖說曾文正公忠於咸豐，以道德標榜自己，號稱「半個聖人」，但他卻屢次違抗咸豐皇帝的命令。尤其是在對太平軍作戰方面，曾國藩根本就不把咸豐的話當回事，拒絕執行命令，違抗聖旨。其實，這也不能怪曾國藩，他也不想跟咸豐皇帝過不去，只是當時包括皇帝在內的整個朝廷都是缺乏戰略眼光，均是鼠目寸光之輩。如若聽從咸豐皇帝的命令，估計曾國藩到死都沒法滅掉太平天國，而很有可能被太平軍幹掉。
1860年6月，江南大營再次被李秀成攻破，統帥和春、提督張國梁敗退鎮江，自縊而死；兩江總督何桂清被免職處理。此時，李秀成乘勝擴大戰果，向江浙一帶進軍，連續攻克蘇州、杭州、常州，大清東南財富之地盡被太平天國占據。聞知如此大變，咸豐皇帝大為驚慌，急忙下令曾國藩率軍前往江浙戰場對陣李秀成，收復失地。但是，曾國藩坐視不理，不派一兵一卒去救援，咸豐大為惱火，但自己手中沒兵可調，英法聯軍又逼近北京，他只能忍著曾國藩了！
曾國藩不去救援江蘇和浙江是有原因的，主要是不想重蹈江南大營的覆轍，當初和春正是聽從咸豐的命令，分兵救援杭州，導致江南大營兵力空虛，給了李秀成可乘之機，以致釀成大禍。當時曾國藩正在全力攻打安慶，實行自己東征金陵的戰略計劃，如果分出安慶的圍城部隊，那麼便是中了李秀成之際。安慶是太平天國的戰略重鎮，位於長江中下游，是天京糧草供應的樞紐，也是保護天京的西大門。安慶被圍困之後，陳玉成、李秀成先是出兵武昌，後是進軍蘇杭，其目的均是要吸引湘軍分兵救援，然後尋找機會將其消滅，從而達到解除安慶之圍的目的。
湘軍總兵力並沒有我們想像中那麼多，當時曾國藩能夠直接控制的部隊最多也就是三萬人。這並不是曾國藩不想招兵，而是糧餉跟不上，因為湘軍不是正規軍，糧餉問題得自己解決，國家幾乎不理會。當時，曾國荃圍攻安慶的部隊只有九千，這已經是湘軍陸師所能夠出動極限了，如果再分兵去攻打杭州，那麼圍困安慶的兵力就更少了，而且勞師遠征，孤軍迎戰，很容易被擊敗。再者，如若李秀成突然回師匯合陳玉成對曾國荃進行反包圍，那麼湘軍必定要撤圍，否則「三河之痛」必將再次上演。
從對太平天國作戰的全局考慮，杭州、蘇州、常州的戰略重要性絕對沒有安慶重要。因為，中國地形的特徵是西高東低，呈三級階梯狀，如果從杭州、蘇州出兵攻打南京，在實力相當的情況下，幾乎不可能成功。但是，從安慶出兵攻打南京則容易多了，因為安慶在上游，又是天京的西大門，湘軍只要全師順流而下，南京指日可待。當初元朝滅南宋的作戰方陣就是先占據長江上游，拿下鄂州（武昌）、襄陽、樊城，然後揮師東下，直搗臨安，南宋滅亡。所以就算湘軍能收復甦杭又如何，只要安慶在手，太平天國必然可以繼續戰鬥下去。
當然，曾國藩抗拒咸豐皇帝的命令除了從作戰的全局角度出發之外，也有自己的小算盤，即是拿下「攻克金陵之首功」，奠定自己的地位，成就千古偉業。後來，攻打天京時，曾國藩派李鴻章去收復江蘇、派左宗棠進兵浙江便是出此考慮。李鴻章也算是個識時務者，他收復江蘇後，便以各種藉口拒絕同治皇帝讓其進兵天京的命令，不想因此得罪曾氏兄弟。但李鴻章非要進兵浙江跟左宗棠搶占勝利果實，於是兩人交惡，一生不再和好！
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