俗话说：将在外，君令有所不受，这话用在曾国藩身上是再适合不过了。虽说曾文正公忠于咸丰，以道德标榜自己，号称“半个圣人”，但他却屡次违抗咸丰皇帝的命令。尤其是在对太平军作战方面，曾国藩根本就不把咸丰的话当回事，拒绝执行命令，违抗圣旨。其实，这也不能怪曾国藩，他也不想跟咸丰皇帝过不去，只是当时包括皇帝在内的整个朝廷都是缺乏战略眼光，均是鼠目寸光之辈。如若听从咸丰皇帝的命令，估计曾国藩到死都没法灭掉太平天国，而很有可能被太平军干掉。
1860年6月，江南大营再次被李秀成攻破，统帅和春、提督张国梁败退镇江，自缢而死；两江总督何桂清被免职处理。此时，李秀成乘胜扩大战果，向江浙一带进军，连续攻克苏州、杭州、常州，大清东南财富之地尽被太平天国占据。闻知如此大变，咸丰皇帝大为惊慌，急忙下令曾国藩率军前往江浙战场对阵李秀成，收复失地。但是，曾国藩坐视不理，不派一兵一卒去救援，咸丰大为恼火，但自己手中没兵可调，英法联军又逼近北京，他只能忍着曾国藩了！
曾国藩不去救援江苏和浙江是有原因的，主要是不想重蹈江南大营的覆辙，当初和春正是听从咸丰的命令，分兵救援杭州，导致江南大营兵力空虚，给了李秀成可乘之机，以致酿成大祸。当时曾国藩正在全力攻打安庆，实行自己东征金陵的战略计划，如果分出安庆的围城部队，那么便是中了李秀成之际。安庆是太平天国的战略重镇，位于长江中下游，是天京粮草供应的枢纽，也是保护天京的西大门。安庆被围困之后，陈玉成、李秀成先是出兵武昌，后是进军苏杭，其目的均是要吸引湘军分兵救援，然后寻找机会将其消灭，从而达到解除安庆之围的目的。
湘军总兵力并没有我们想象中那么多，当时曾国藩能够直接控制的部队最多也就是三万人。这并不是曾国藩不想招兵，而是粮饷跟不上，因为湘军不是正规军，粮饷问题得自己解决，国家几乎不理会。当时，曾国荃围攻安庆的部队只有九千，这已经是湘军陆师所能够出动极限了，如果再分兵去攻打杭州，那么围困安庆的兵力就更少了，而且劳师远征，孤军迎战，很容易被击败。再者，如若李秀成突然回师汇合陈玉成对曾国荃进行反包围，那么湘军必定要撤围，否则“三河之痛”必将再次上演。
从对太平天国作战的全局考虑，杭州、苏州、常州的战略重要性绝对没有安庆重要。因为，中国地形的特征是西高东低，呈三级阶梯状，如果从杭州、苏州出兵攻打南京，在实力相当的情况下，几乎不可能成功。但是，从安庆出兵攻打南京则容易多了，因为安庆在上游，又是天京的西大门，湘军只要全师顺流而下，南京指日可待。当初元朝灭南宋的作战方阵就是先占据长江上游，拿下鄂州（武昌）、襄阳、樊城，然后挥师东下，直捣临安，南宋灭亡。所以就算湘军能收复苏杭又如何，只要安庆在手，太平天国必然可以继续战斗下去。
当然，曾国藩抗拒咸丰皇帝的命令除了从作战的全局角度出发之外，也有自己的小算盘，即是拿下“攻克金陵之首功”，奠定自己的地位，成就千古伟业。后来，攻打天京时，曾国藩派李鸿章去收复江苏、派左宗棠进兵浙江便是出此考虑。李鸿章也算是个识时务者，他收复江苏后，便以各种借口拒绝同治皇帝让其进兵天京的命令，不想因此得罪曾氏兄弟。但李鸿章非要进兵浙江跟左宗棠抢占胜利果实，于是两人交恶，一生不再和好！
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